蔬菜穴盘育苗的设施主要有精量播种机、种子丸粒化机、穴盘、播种室、催芽室和绿化室。简单的穴盘育苗只要有穴盘(相当于一般育苗中的营养钵)及保温、保湿设施即可。目前常用的穴盘是一种长55厘米、宽28厘米、高5.5厘米的多孔塑料盘，根据穴孔的大小，有50孔、72孔、128孔等多种，不同的蔬菜种类可以选择相应规格的穴盘，如一般叶、花菜类蔬菜用128孔，茄果类用72孔。严格的穴盘育苗，其操作过程包括播种前的准备、播种、催芽、绿化成苗等几个阶段，各个阶段前后衔接，不同阶段采取不同的管理方法。现以番茄育苗为例说明穴盘育苗的操作过程。首先是播种前的准备，包括穴盘清洗、消毒、种子处理(种子消毒和丸粒化)和基质准备。然后进入播种车间在精量播种机上进行精量播种，播种过程包括装土(基质)、压穴、播种、覆盖和浇水。之后进入催芽室进行催芽，并保持28摄氏度左右，湿度90％以上，约2至3天后出苗。当有80％左右种子顶土出苗时，将穴盘移入绿化室，让幼苗接受光照，同时控制温度在25摄氏度左右，这样既能保持继续出苗，又能防止徒长。当幼苗出齐后进行成苗期管理，控制绿化室温度白天25摄氏度左右，夜间15摄氏度左右，并保持基质湿润。在移栽前7至10天进行炼苗，以使幼苗适应大田环境。