以提高温度的生态防治为主，辅之以药剂防治，可以控制该病流行。一、农业防治。有条件的实行与水生作物轮作或夏季把病田灌水浸泡半个月，或收获后及时深翻，深度要求达到20厘米，将菌核埋入深层，抑制子囊盘出土。同时采用配方施肥技术，增强寄主抗病力。二、种子处理：播前用10%盐水漂种2至3次，汰除菌核，再用50摄氏度温水浸种10分钟，即可杀死菌核。三、土壤消毒：定植前用20%甲基立枯磷配成药土耙入土中，每亩用药0．5千克对细土20千克拌匀。四、温室大棚栽培注意提温控湿，上午以闷棚提温为主，下午及时放风排湿，早春日均温控制在29摄氏度或31摄氏度高温，相对湿度低于65%可减少发病。五、发现病情及时用15%速克灵烟剂或45%百菌清烟剂，每亩250克，熏1夜，隔8至10天1次，连续或与其它方法交替防治3至4次；或喷撒5%百菌清粉尘剂，每亩1千克。六、发病初期：喷洒50%速克灵可湿性粉剂1500倍液、50%扑海因或50%农利灵可湿性粉剂1000倍液、20%甲基立枯磷乳油1000倍液、50%扑海因可湿性粉剂1500倍液加70%甲基硫菌灵（甲基托布津）可湿性粉剂1000倍液，于盛花期喷雾，每亩喷对好的药液60升，隔8至9天1次，连续防治3至4次，病情严重时，除正常喷雾外，还可把上述杀菌剂对成50倍液，涂抹在瓜蔓病部，不仅控制扩展，还有治疗作用。