一、适时采收
蘑菇采收过早，菌盖未长足，影响产量。过迟菌体不耐贮藏，品质下降。
1、平菇应在菌盖充分展开，颜色变浅，下凹处有红色茸状物，边缘刚向上翻卷，而未大量散发孢子时采收，采收过晚，菌柄坚硬，边缘破裂，质地变韧，常带苦味和怪味，食用品质下降。
2、香菇要在未开伞时采收。
3、双孢菇一般在菌盖未超过4厘米、未开伞时采收，采收过晚易开伞褐变，缩短贮藏期。
4、金针菇应当在菌柄停止生长，菌盖边缘开始放平时采收，过迟菇体失重。
二、采收方法
采收当天不要喷水保持韧性。采收时，将单个蘑菇向上转动采收，菌盖向外倾斜，不要直接从菌床拔出。用左手手指夹紧菌托，右手用刀切断菌托基部。
当子实体丛生时，如平菇，可用刀贴近床面从菌柄基部整丛切开；金针菇则轻轻握住菇丛拨下即可。采收后，菇柄朝上放入篮中，尽快预冷或在较凉的地方，将菇柄修整分级，也可采后立即修整，再装篮。
个体较大、菌柄较短的品种，剪短菇柄可延长贮藏期。如平菇采后留柄长2-3厘米为好；双孢菇采收时柄长一般为5-10毫米；金针菇的主要食用部位是菌柄，不宜剪短。修整时，将不宜贮藏的开伞菇、病菇、虫菇和有机械伤的受损菇剔除。修整后的蘑菇尽快冷藏。
三、贮藏条件
蘑菇贮藏的适宜条件为0℃和95%的相对湿度。蘑菇的黑柄和开伞与失水有关，用薄膜包装或保持相对湿度高于95%可减少失水。气调贮藏可抑制蘑菇褐变，控制在2-4%的氧和5-10%的二氧化碳有利于保持蘑菇的颜色和延长贮藏寿命。采用盐水、柠檬酸、抗坏血酸、二氧化硫蒸气处置均能钝化多酚氧化酶活性，防止酶促褐变。贮运中防止用金属容器装菇，以防发生非酶促褐变。
四、贮藏方法
1、自发气调：将蘑菇装在0.04-0.06毫米厚的聚乙烯袋中。通过蘑菇自身呼吸造成袋内的低氧和高二氧化碳环境。包装袋不宜过大,一般以可盛装容量2-4斤为宜，0℃下可5天品质保持不变。
2、真空包装：将蘑菇装在0.06-0.08毫米厚的聚乙烯袋中，抽真空降低氧含量。0℃条件下可保鲜7天。
3、冰圈法：运输中加冰块使菇体降温。包装容器内垫一层塑料膜底部放4-6厘米厚的碎冰，中部放置冰袋，四周放置蘑菇，装八成满时将四周薄膜向内折叠，膜上再盖厚约5厘米的碎冰，最后加盖运输。
4、缸藏法：洗净的缸底部放3-4厘米深的冷水，上设木架。将蘑菇码在其上，然后用塑料薄膜封口，置于低温下贮藏。
5、盐水处理法：蘑菇采收后用0.6%的冷盐水清洗并浸泡10分钟，可起预冷和防止褐变的作用，沥干水分进行贮藏。若盐水洗后，再用0.1%抗坏血酸或0.1%柠檬酸漂洗后沥干，装入塑料袋中冷藏效果更好。
