棉花苗期就是从出苗到现蕾的一段时期，一般持续40-50天。棉花苗期是以营养生长为主的阶段，主要是扎根、长茎、生叶，并在2-3片真叶时开始花芽分化。棉花苗期管理的主攻方向是保全苗、育壮苗、促早发。
1、合理密植
棉花品种不同，地力条件不同，种植密度差异很大。一般常规品种种植密度在3000～4500株左右，杂交棉种植密度在1000～1500株左右。农户要根据本地的土壤肥力条件和种植密度灵活掌握。
2、及时放苗
棉花出苗后适时放苗是保证苗全苗壮的关键，放苗的原则是放绿不放黄，在棉花子叶由黄变绿时及时打孔放苗。放苗过早，将子叶未展平的黄苗放出，棉苗不适应膜外条件，易抽干死苗；放苗过晚，膜下温度过高，会引起棉苗灼伤或形成高脚苗，不利于培育壮苗。放苗宜在上午10点前和下午4点后或全阴天进行。放苗时切忌把放苗口开得过大，影响棉田保温保墒。同时放苗后，应及时用土将放苗口封严，以防大风揭膜，跑墒降温。
3、查苗补缺
棉花出苗后及时检查出苗情况，发现缺苗断垄及早补种或移栽补苗。一般缺苗50厘米以下的可不进行补种，以充分发挥棉花自身的补偿能力。补种时应进行浸种催芽，以加快出苗，提高棉苗的整齐度。移栽时要带土移栽，缩短缓苗期，加快生长。
4、适时定苗
各类棉田都应早定苗。 棉花间定苗时，要掌握“去大、去小、留中间苗”的原则，一方面大苗、小苗都去掉后，棉苗长势均匀一致，不会出现争水争肥情况，另一方面有些长势过旺，速度过快的棉苗很有可能是变异苗，这些棉苗前期生长很快，可是后期结桃性很差，坐不住棉桃，所以要改变只留大苗的间定苗误区。
5、中耕松土
为促壮苗，要尽早中耕松土，耕后遇雨及时再次中耕，确保棉田不板结，无杂草。盐碱地棉田雨后更要及时中耕。
6、浇水施肥
苗期浇水，易降低地温，不利于棉苗早发，因而应少浇水或不浇。苗肥要早施，看苗施。旱薄田、盐碱地每1亩施尿素5千克，过磷酸钙20—30千克。高产田地力较好，一般不追施速效氮肥提苗。
7、病虫防治
7.1“僵苗”及病害防治
棉苗出土后，常因低温阴雨天气，造成棉苗生长缓慢，“僵苗” 严重，而且棉苗病害(立枯病、炭疽病、根腐病)也容易发生。遇到这种情况时，应及时选用有机肥和多菌灵、恶霉灵等药剂配合使用，一方面能预防棉苗病害，另一方面还能活化土壤，解除僵苗，促苗早发，恢复生长，提高棉苗抵抗力。
7.2虫害防治
苗期虫害主要有蚜虫、红蜘蛛、地老虎等。可选用吡虫啉、啶虫咪防治蚜虫、红蜘蛛；苗齐后喷洒50%辛硫磷或敌百虫500倍液防治地老虎。
