在香菇生产的过程中，常受到病虫的危害，如果防治不利，轻则造成减产，重则栽培失败，所以必须引起高度重视。香菇的病虫害防治应以“预防为主，综合治理”的原则，用生物防治、物理防治和化学防治相结合的综合防治技术对有害生物进行控制和治理，把化学防治作为辅助手段，使生产的香菇达到国家无公害香菇质量标准。
1、常见病害防治
1.1畸形菇：菌柄粗而短，菌盖肥厚，原因主要是高温品种制棒较迟，出菇时遇低温影响而形成，防治措施主要是选用的品种要符合对温度的要求，合理安排生产季节。
1.2空心柄菇：菌柄空心柔软，菌盖小，出菇密而成丛，原因是菌筒失水严重，空气湿度偏低，气温偏高而导致幼菇脱水空心。防治措施主要是每采完一茬菇后及时补水处理，以搬动惊蕾补充水分。
1.3螺盖菇：菇盖如田螺大小，原因是高温品种生理尚未成熟而又在低温条件下催蕾出菇；低温品种生理尚未成熟又在高温条件下催蕾出菇；培养料中氮源过多。防治措施主要是对症处理，找出致病原因，安排好出菇期，出现的螺盖菇要及时除掉以保养分，待温度适宜时再出菇。
1.4萎烂菇：在菇蕾期出现萎烂现象，主要因菇棚湿度过大，杂菌侵入造成烂菇，有的属病毒性为害使菌丝退化，造成子实体腐烂，二氧化碳含量过高等。防治方法：调节温度，不受高温侵害；控制湿度，菇棚相对湿度保持90%左右，菌棒含水量60%左右；经常检查，除根，局部涂石灰水或新洁尔灭。
2、常见虫害防治
2.1线虫：是一种粉红色线状蠕虫，体长１毫米左右，繁殖很快。蛀食香菇子实体，并带细菌造成烂菇，致使小菇蕾萎缩和死亡。线虫发生时用１％生石灰与１％食盐水浸泡菌袋１２小时即可杀灭。
2.2跳虫：又叫香灰虫，米灰虫。幼虫白色。成虫灰蓝色，弹跳如蚤，繁殖很快，常聚集在接种穴周围或菌柄和菌褶交界处。为害菌丝，致使菇蕾和菇体枯萎死亡。若发现跳虫，可用除虫菊脂类药物杀灭。
2.3蛞蝓：俗称粘粘虫，成虫体长５～８厘米，虫体呈灰白色，头尾稍尖，腹部能分泌粘液，爬行后呈白色薄层液迹。白天潜伏在阴暗潮湿处，夜间出来咬食菌伞、菌褶，有时还藏在菌褶中蛀食。发现虫害后，可用１％菜饼液或用５％食盐液喷洒；在蛞蝓经常活动的地方撒生石灰或白碱，沾在蛞蝓体上即死，也可人工捕杀。
2.4香菇蛾：幼虫体白色头黑色，长７～８毫米，成虫长0.５～０.６厘米，前翅暗褐，后翅黄褐，触角丝状，躯干黄乳白色。香菇蛾一年可繁殖４代，其幼虫可成年轮番生息在菇木内，造成死穴增多，影响菌丝蔓延，使菇木利用率下降，产量减少。成虫在干香菇上产卵，如遇干菇含水量较高，卵即孵化成成虫，初期多居于菌褶内或香菇碎屑中，侵害香菇盖面，使香菇失去商品价值。
防治方法：防止干香菇被侵食比较困难，最重要的是将香菇含水量保持在１３％以下。香菇烘干后及时套入二层塑料袋装进铝膜纸箱，包装箱密封前，最好放进一些氯化钙等吸湿剂，可以长期保存香菇不受侵害。梅雨季节应定期检查，一旦发现返潮，应及时烘烤。如干香菇已受到香菇蛾的侵害，可用二硫化碳或氯化苦熏蒸，每１５公斤干菇内放入５毫升的二硫化碳，即可杀灭香菇蛾的幼虫或成虫。二硫化碳易燃，熏蒸时应注意防火。氯化苦有强烈刺激臭味，渗透性很强，具有较强的杀虫力。
2.5甲虫类：甲虫类害虫大多属于鞘翅目昆虫，常见的有赤拟谷盗、脊胸露尾虫。这两种成虫体长均在２～４毫米，体扁平，背部有光泽，触角11节，末端３节膨大。赤拟谷盗虫呈椭圆形，赤褐色至黑褐色，复眼黑色；脊胸露尾虫深黑色或黄褐色，复眼圆形，呈褐色，翅末端平截，腹部两节背板外露，俗称露尾虫。这两种甲虫的幼虫均咬食用褶和香菇，影响香菇品质，成虫潜伏于菌褶内产卵。
防治方法：同香菇蛾。一旦发生大量虫害，可将香菇置于６０℃烘干室２～３小时，即可杀死害虫。
