微生物肥料是由一种或数种有益微生物、培养基质和添加物配制而成的生物性肥料。其肥效的发挥既受自身因素，如肥料中所含有效菌数、活性大小等质量因素的影响，又受土壤水分、有机质、PH值等生态因子的制约，因此，微生物肥料的选择和应用要注意合理性，施用微生物肥料要注意以下几点：
第一、微生物肥料必须与当地耕作、水分管理等有关农业技术措施密切配合。产品的种类和使用农作物必须相符，这一点对根瘤菌肥十分重要。
第二、微生物肥料不宜久放，最好现配现用，并且一定要在产品有效期使用。使用前要存放在阴凉干燥处，避免受热、受潮及阳光直接照射；储藏温度一定要适宜，气温过高或气温过低冻结都可造成肥料中的微生物大量死亡，一般4-15℃为宜。
第三、微生物肥料不宜与消毒剂、杀菌剂合用，有的品种不能与速效氮肥及氮磷钾复合肥一起使用；微生物肥料使用时不宜长时间暴露在阳光下，防止紫外线杀死肥料中的微生物。
第四、微生物肥料拌种时先将固体菌肥加清水稀释，然后与种子充分拌匀，稍晾干后播种，并立即覆土。种子需要消毒时应选择对菌肥无害的消毒剂，同时做到种子先消毒后拌菌剂。
第五、配合有机质使用效果更佳，有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。施用生物肥料时配合施用有机肥料，不但可加快有机肥的腐熟速度，而且能促进菌群的形成，提高菌肥的肥效。
第六、为生物菌提供良好的繁殖环境，首先，适宜的PH值，一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，如硅酸盐细菌需要在PH7-8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物的活动。其次，微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动，因此必须注意及时排灌，以保持土壤中适量的水分。另外，生物肥料中的微生物大多是好气性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷细菌等。因此，施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。
