一、畸形果
畸形果主要产生于花芽分化及发育时期，即在低温、多肥（特别是氮素营养过多）水分及光照充足的条件下，生长点部位营养积累过多，正在发育的花芽细胞分裂过旺，心皮数目过多，开花后由于各心皮发育的不均衡，而形成多心室的畸形果。
防治措施：选用不易产生畸形果的品种，及时摘除畸形果，育苗期间温度不宜控制过低，水分及营养必须调节适宜。
二、脐腐病
果实顶部腐烂，变为黑褐色，组织被破坏，凹陷。遇湿度大时，其上出现黑色霉状物，病果提早变红，但无商品价值。发生的主要原因是缺钙。生育期间水分供应失常也能造成脐腐病。
防治措施：酸性土壤应施用石灰调节；施肥时注意维持土壤适宜浓度，不要施过量的化肥，增施有机肥，以改善土壤理化性质；尽量避免土壤高温及湿度的剧烈变化；坐果后，在易发生脐腐病的地块用0.4%～0.5%的氯化钙喷叶或喷1%的过磷酸钙、0.1%硝酸氨钙及爱多收6000倍液，从初花期开始，半月一次，连喷2次以减轻病害。
三、空洞果
空洞果是果皮与果肉胶状物之间是空洞的果实。造成空洞的原因十分复杂，主要有以下几点：1、使用生长刺激素时，由于浓度过高或在蕾期处理而形成空洞果。2、当遇到光照不足或后期营养跟不上，使果实生长的养分供不应求，形成空洞。3、当温度超过35℃，且维持的时间很长时，使果实生长不协调，受精不良，也可造成空洞。4、开花时遇到低温，不能正常受精，形成空洞果。当田间出现空洞果后，应分析发生的原因，具体情况具体处理。
防治措施：在番茄开花期要严格控制温度，白天适温为20～30℃，夜间15～20℃。合理使用生长调节剂，即激素处理的方法与浓度要适宜。一般采用15～20mg/kg的防落素在开花期喷施，防止落花。激素处理后，要加强肥水管理。采用配方施肥技术合理增施N、P、K肥。
四、裂果
果实开裂现象，往往发生在盛夏季节，当土壤比较干燥后，遇到较长时间的雨日导致果皮细胞膨压过大，皮细胞破裂或突遇阵雨或暴雨之后又马上晴天，或大量灌水，导致根系生理机能障碍和膨涨吸收率转低，发生裂果，裂果现象易发生在番茄果实的发育后期。裂果有的以果蒂为中心，呈同心圆状裂开，有的以果蒂为中心,呈放射状裂开，也有不规则的侧面裂果和裂皮。
防治措施：宜选用抗裂品种，防止土壤干燥后骤湿，避免果实受强光直射，增施硼素肥料，增强果皮的可塑性。
