盛果期枸杞树的修剪主要以更新果枝为主，去旧换新，保持健壮、高产、稳产的树势。修剪适宜时期在春季、夏季、秋季，因为枸杞枝条的髓心较大，冬季修剪后枝条易抽干，影响顶端正常果枝冬芽的萌发，所以冬季不进行修剪。
1、春季修剪
当树体进入萌芽期后即可开始修剪，此时易于辨别死枝和活枝，并将死枝全部清除；对于上年生秋果枝根据其长势、空间采取缓放与短截相结合的方法，对于结果枝不能齐头并进，要截、放结合，长、短结合，合理利用空间，充分利用光能。具体短截时，细枝剪留二分之一，粗枝在枝粗3毫米处剪截。对于过密枝要适当疏间，保证良好的通风透光条件。春季修剪要适当轻剪，修剪过重，果枝旺长，现蕾部位过高，结果晚，直接影响春果即伏果的产量，因此春季修剪对结果枝以放为主，短截为辅，掌握多放少截的原则。
2、夏季修剪
针对枸杞具有二次生长、开花、结果的特性，在二次生长高峰之前进行重剪，促使秋果枝提早萌发形成，尽量早开花，早结果，早采摘。所以夏剪一般在七月下旬进行，即大暑节气前后几天内尽快重剪换枝，主要对结过果的春果枝进行不同程度的短截，时间不宜拖得过晚，因为这次修剪的早晚对于秋果枝形成的早晚以及产量的高低有直接的影响。这次修剪量大，基本上枝枝短截，俗称“小抹头”。
重剪的对象主要是当年生春果枝，根据其长势，枝条的粗细采取不同程度的短截，长果枝剪留20厘米，中果枝剪留10厘米，短果枝剪留6厘米。对于去年的秋果枝根据空间大小和长势强弱，可以缩剪；过弱的多年生枝要及时回缩到健壮部位；对于针刺枝、內膛及下垂的细弱枝要疏除；另外要剪除风折枝，病虫枝。具体到修剪每一个枝条时，一定要注意剪后将残留的叶片全部抹掉。另外，对于徒长枝的处理，在枸杞整个生长季节是一项很重要的修剪工作，因其直立生长，耗费树体养分较多，对结果枝的生长影响很大，所以要及时处理，在生长季节一般十天左右剪除一次，如果有空间可以采取摘心的方法逐步培养成结果枝组。
重剪后采用摘心的方法培养结果枝组，是枸杞生产上非常有效的措施。一般3-4毫米粗的枝条为正常果枝，如果将5毫米粗的枝条短截后，萌发的新枝一般长到15-20厘米才会现蕾、开花，超过6-7毫米的枝条短截后萌发新枝的现蕾部位更高，一般出分枝后才能结果。枝条越粗短截后萌发的新枝现蕾、开花的部位就越高，甚至萌发徒长性枝条。为了重剪后形成正常的果枝，必须适时摘心培养结果枝组。一般枝条直径5毫米粗短截后，萌发的新枝长到7-8厘米时摘心；直径6-7毫米粗短截后，萌发的新枝长到9厘米摘心；如果直径超过7毫米，短截后出现徒长性枝条，长到15-20厘米时摘心，摘心后分生出来的枝条长到9厘米时再摘心，再分生出来的枝即为正常果枝。
实践证明，对枸杞进行夏季修剪，可提高20%左右的产量；减少病害的发生，可有效控制雨季黑果病的危害；重剪后重新萌发果枝，使结果基轴缩短，有效的控制了结果部位的外移。
3、秋季修剪
一般在果实采收后开始修剪，对于过密枝进行适当的疏间，保持树冠通风透光，对于徒长枝有空间的可以剪顶，控制树体高度，对于下垂枝要及时回缩，对树冠结果枝层的修剪，要保留良好的结果枝，剪除非生产性的枝条，对结果枝层内的老枝、针刺枝、细弱枝、虫害枝、风折枝应疏除，对老枝的选留，还要看新枝的多少酌情掌握。
