不少食用菌种植户反映，由于用了劣质菌种，导致栽培失败，但又不知道怎样鉴别菌种的优劣。下面介绍几种菌种简易鉴别方法：
平茹菌丝洁白、浓密、粗壮、呈棉毛状，有爬壁现象的，为优良菌种，用木屑培养的菌种，被分解的木屑呈淡黄色，并有少量原基出现的，为优良菌种。若菌丝稀疏或成束状，棉籽壳培养基呈暗红色，木屑培养基发白，菌丝脱离瓶壁并萎缩，菌瓶基部有黄色积液，或培养料表面出现霉点的，均为劣质菌种。
金针菇菌丝洁白、粗壮、或外观呈细粉状，生活力强，后期在培养料上成丛出现子实体的，为优良菌种。菌丝不能向下深入生长，出现吐黄水现象的为老化菌种，不能使用。
香菇菌丝洁白，呈棉毛状，生长均匀，无厚菌被，易形成原基者，为优良菌种。瓶内菌丝稀疏，菌丝脱壁、萎缩，菌被变褐，为退化菌种或老化菌种。
草菇菌丝呈白色，透明状的，为幼龄菌种；菌丝呈黄白色或灰白色、透明状的，为适龄菌种；菌丝浓密如菌被，上层菌丝萎缩的，为老龄菌种。过嫩过老的菌种，都有不可用于栽培。
蘑菇菌丝灰白，微带蓝色，细线状，没有黄白色菌被的，为优良菌种。菌丝淡黄色、萎缩、或瓶上部菌被过厚的，为劣质菌种。
猴头菇菌丝洁白、粗壮、上下分布均匀，在培养基表面形成子实体，子实体肉厚，菌刺长的，为优良菌种。菌丝稀疏、纤细，分布不均匀，或菌丝未发生过半即有原基出现，或瓶底积满黄色粘液的，均为劣质菌种。
