(一)常见杂菌
1、细菌性根腐病。病原菌为肠杆菌，欧文氏杆菌属。侵染初期，在培养基表面，菇丛中浸出白色混浊的液滴，菇柄很快腐烂、褐变，最后呈黑褐色，发黏变臭。根腐病的发病喷水带菌，由于菇丛很密，表面面积很大，呼吸作用很强，水分不能及时散失，就产生热量，病原菌便在适温条件下大量繁殖生长，产生根腐病。防治的主要方法是，禁止将水喷到菇体上。一旦发病，要立即采收，对菌床进行喷施1‰多菌灵处理。
2、木霉、青霉霉菌污染。木霉有许多种，如绿色木霉、康氏木霉、多孢木霉等。易与青霉混合发生，青霉感染色较深，呈蓝绿色，而木霉色浅，多呈绿色或铜绿色。菌床上发生霉菌污染后，要尽快挖除带菌的培养基。加强菇床通风，出菇期间不要把水喷到菇体上，防止菇丛染上细菌病害并由于提高床温而诱发霉菌繁殖。
(二)常见害虫菇蚊、菇蝇和螨类
这些害虫多发生在生产后期，因为栽培前期温度较低，不易发生这些害虫。防治的办法是在生产后期(菇房温度提高到18℃以上时)，可预防性在菇房内喷施杀虫、杀螨剂。
(三)病虫综合防治措施
1.低温栽培。几乎所有的杂菌的孢子、芽孢或其休眠体，都要在24℃以上才能萌发。而金针菇菌丝体在7～11℃的低温条件下生长良好，加之金针菇又是低温结实性菌类，因此金针菇具备低温栽培的条件。低温栽培是防治病虫害的最重要手段。
2.低湿培养。金针菇菌丝在料水比为1：1～1：1.5时，生长较快，不易污染其他杂菌；而料水比达到1：2.1时，金针菇菌丝停止生长，并全部污染杂菌。这是由于培养料水分过多，不但容易冲淡菌体细胞原生质浓度，使之抵抗力下降，易染杂菌；而且还会造成空气不足，使菌丝的呼吸作用受到抑制，导致菌丝早衰而染菌。所以在拌料时掌握好料水比；菌丝生长期间，培养室空气湿度要适合；出菇期间，不要将水喷到菇床上，这些低湿培菌措施可使菌丝生长旺盛，菇体生长健壮，杂菌不易发生。
3.低温添加粮食营养物。麦麸、玉米粉、米糠等不仅是金针菇生育的良好营养剂，各种杂菌对其也非常喜爱。这些营养物质，由于含有淀粉和可溶性糖分等营养，易被杂菌利用，常造成污染。但在低温栽培前提下，加大菌种用量，可使金针菇在丰富的营养物质中短期内就会占领菌床。多次实验与生产实践证明，添加粮食类营养的培养基比纯棉籽壳培养基成活率高，菌丝占床快。注意前提是低温，如果环境温度超过15℃，就不要添加上述营养物质。
