枸杞枝条皮薄，含水量少，如修剪过早，剪口处易失水干枯，不易愈合。所以应在树液开始流动前完成剪枝，并掌握老弱树早剪、幼弱树晚剪的原则。枸杞树形主要有自然开心形、自然半圆形、圆锥形。前两种适于株行距1.5×2米的稀植园，后一种适于每667平方米300株以上的密植园。修剪方法如下：
一、疏枝
首先要剪去死枝、病虫枝、伤枝、针刺枝和横穿枝，而后疏剪过密的结果枝。疏剪结果枝时，先去乏枝、阴枝、背下枝、细弱枝；后去背上枝、中间枝；如果还密，再疏两侧枝，剪后使果枝间距离为5～6厘米，而且都是生长充实，结果力强的白条枝。
二、处理徒长枝
生长在骨干枝下垂处的徒长枝，留作骨干枝的延长枝，并适当短截，使枝势和延伸方向稳定；徒长枝附近有空间的，适当短截，培养成结果枝组，扩大树冠，增加结果面积；无利用价值的徒长枝，从基部剪掉。
三、更新复壮结果枝组
枸杞结果枝组结2年果后多弯曲下垂，结果能力降低，对这种结果枝组，留3～5厘米短截，春季发芽后，选一生长方向位置合适而且健壮的芽，通过摘心培养成新的结果枝组。
四、更新培养结果枝
枸杞结果枝因品种不同结果能力不同，有的能连续结两季果，有的只能结一季果，或只在顶端结小而少的果。结果弱的果枝特征是枝条呈灰褐色，极短枝很明显。对这种果枝必须及时短截更新。一般从果枝弯曲下垂处剪去，粗壮的短剪1/2，弱的短剪2/3，过弱的只留5～6厘米短截，短截程度宁轻勿重。
