一、虫害防治
番茄害虫主要有蚜虫、白粉虱、棉铃虫、茶黄螨。
1、培育无虫苗，防止蚜虫、白粉虱带入温室，消灭前茬和温室周围的虫源。
2、前期要注意茶黄螨的危害，发现顶尖叶子畸形与扭曲时，喷1.8%阿维菌素2000～3000倍液，可以有效的防治。
3、蚜虫、白粉虱防治，以虫治虫，以丽蚜小蜂控制白粉虱的危害，或者用高效吡虫啉进行防治。
二、病害防治
番茄主要病害有早疫病、晚疫病、叶霉病、灰霉病、病毒病等。
1、防病的物理措施：
加强通风降湿，使空气湿度降到80%以下。及时摘除下部老叶，早期发现病叶及时清除并销毁或深埋。收拾败花放在塑料袋中带到棚外，发病后及时摘除病果、病叶和侧枝、销毁或深埋。
2、化学防治：
防治病害首先选择抗病品种，实行轮作，加强栽培管理，增强植株抗性。生长期内，烟熏与喷药相结合。
未发病前每周一次烟熏，每周一次喷药。所用药物为：安泰生（丙森锌）与百菌清。安泰生（丙森锌）一种速效、低毒、广谱的保护性杀菌剂。对番茄霜霉病以及早、晚疫病均有优良的保护性作用。百菌清是广谱、保护性杀菌剂。生产过程中烟熏剂速克灵与安泰生或百菌清交替使用，每周一次烟熏，一次叶面喷施。40％百菌清烟熏剂每亩250克进行熏棚。
（1）病毒病防治
培育无毒壮苗，避免高温干旱，均匀供水，防止过干过湿。消灭蚜虫、白粉虱，防止传毒。发病初期，及时剔除病株。发病后，使用抗毒丰、植病灵、病毒A等进行喷雾防治。
（2）溃疡病
发病后用14％络氨铜水剂300倍液或77％可杀得500倍液或72％硫酸链霉素4000倍液等药剂进行喷雾防治。
（3）叶霉病、灰霉病防治
加强放风，降低湿度至80%以下，在光照充足情况下短时间增温至32℃，抑制病害。发病后上午闭棚升温至32～34℃再放风降温。
喷洒保护性杀菌剂24%武夷霉素水剂200倍液，7天一次，发病期使用47%加瑞农800倍液喷雾防治，在合理的管理措施下，如果出现了白粉病、灰霉病、叶霉病和霜霉病等，可以用应急克--速效、广谱、治疗型生物杀菌剂进行喷杀，24小时内即可看到明显效果（菌丝倒伏、枯萎等）；应急克是由荷兰科伯特生物系统公司生产的以生物酶为基础的纯天然广谱杀菌剂，是一款纯粹的治疗型产品，能迅速杀灭发病部位现存的病菌孢子和菌丝体。
（4）早疫病防治
发病期喷58％甲霜灵•锰锌可湿性粉剂500倍液、64％杀毒矾可湿性粉剂500倍液等药剂防治。茎部和分枝处发病的，及时刮治，即刮除病斑，涂刷50％多菌灵1份+50份米汤（病斑大时要分期涂抹，避免环涂药液）。
（5）晚疫病防治
在出现病株后用72.2%普力克水剂800倍液或72%克露可湿性粉剂500倍液、69％安克•锰锌可湿性粉剂900倍液喷雾，情况较严重时，可以使用银法利，用药30分钟即可发挥作用，对卵菌纲真菌引起的各类作物霜霉病、晚疫病表现出超级优异的防治效果。
最后，如果棚室内，细菌与真菌同时发生，用双界600～800倍液喷雾防治，双界是由荷兰科伯特有限公司生产的100%纯天然植物源广谱杀菌剂，针对多种病原性细菌与真菌等均具有强烈的杀灭和抑制作用。在国际上，已被广泛应用于农业生产中叶、果和土传病害的预防与治疗。双界NOPATH不仅能迅速治疗植物病害，同时，也可用于多种植物病害的预防。
