苹果套袋可以减少一些果实病虫害的发生，但也不能忽视病虫害的防治。套袋苹果园病害主要有：褐斑病、黑点病、红点病；虫害有：苹小卷叶蛾、金纹细蛾、红蜘蛛、桃小食虫、金龟子、黄蚜等。
一、常见病害及防治措施
1、褐斑病
在高温高湿、果园郁闭、喷药不及时或者喷药不当的情况下容易造成褐斑病的大发生，可造成早期落叶。症状有三种：轮状、芒状、混合状。
防治措施：套袋后7-10天，喷布1 : 2 : 200倍的波尔多液，生长季节不少于3次。
2、黑点病和红点病
黑点病发病初期，果实萼洼周围出现针状小黑点，后逐渐扩大，至绿豆大，有的黑点上带有一小白点。病斑发生在果实表皮，不会引起果肉腐烂；红点病多发生在苹果摘袋后，若遇雨，多在向阳果面上形成许多针状小红点。
防治措施：（1）在苹果套袋前喷施80%喷克800倍液，或3%多抗霉素800倍液；（2）喷洒20%丰收宝可湿性粉剂1500倍液，或50%宝丰灵可湿性粉剂2000倍液，杀灭康氏粉疥；（3）套袋前喷施3-4次果硼钙等补钙剂。
二、常见虫害发生规律及防治措施
1、红蜘蛛
主要有山楂叶螨、全爪螨、二斑叶螨等，吸食叶片，造成失绿、斑点。发生速度快，5-7天1代。常用药剂有：阿维菌素、哒螨灵、唑螨酯、三唑锡、炔螨特等。
2、苹小卷叶蛾、金纹细蛾
苹小卷叶蛾1年发生3代，世代重叠严重。主要危害嫩枝的梢，叶片卷起，不容易接触到药液难于防治。防治关键是抓住三个关键期：第一次为春季出蜇率达到20%时，第二次为幼虫转叶化蛹期，第三次为第一代卵孵化盛期（麦收后）。
金纹细蛾首先发生在叶片的反面，一般是从6月份开始到9月份，7-8月份发生比较严重，主要危害叶片。每月的8-9日到14-15日是发生高峰期，也是防治的最佳时期。
防治药剂：25%灭幼脲3号、30%阿维·灭幼悬浮剂、1.8%虫螨克乳油或25%灭幼脲3号悬浮剂等。
3、桃小食心虫、金龟子
套袋后可采取桃小食心虫性诱剂，可以吸引大部分成虫。还可用频振式杀虫灯，吸引大部分的蛾类，包括金龟子，然后杀死。对于苹果害虫金龟子，还可以把西瓜皮吊在树枝上加万灵粉来诱杀，可以杜绝污染、提高品质。
