冬季修剪，在冬季枸杞落叶以后之春芽萌动前进行。冬剪时，营养物质已大部分转运至根、主干和大枝中保管，因此修剪损失的养分较少。冬剪后，地上部枝芽数量减少，早春萌芽时，剪口下枝芽所获得的水分和养分相对增加，因此一般萌芽力有所增加，是常规修剪的主要时期。此次修剪承担着整形和修剪的双重任务。
冬剪是枸杞一年中最关键、最彻底的修剪。冬剪的修剪原则是“修横不修顺，去旧要留新。密处来修剪，缺处留壮枝。清膛截底修剪好，树冠圆满产量高。”冬剪的修剪顺序是：
1、清基：修建时将枸杞根部生长的萌蘖徒长枝全部清除干净。
2、剪顶：凡是超过预留高度，在冠顶上生长的直立枝和强壮枝，都要进行疏除或短截，以维持所需的高度。
3、清膛：是整个冬剪的重点。经过一年结果以后，初结果期枸杞在树冠上有许多影响树冠延伸的强壮枝和徒长枝。成龄枸杞在冠层内有许多堵光、影响树势平衡的大中型强壮枝组和徒长枝。它们是清膛的重要对象，采用的方法疏剪为主，短截为辅。通过清膛修剪，清理出清晰的层次。清膛的第二个对象是清除树膛内的串条，以及不结果或结果很少的老弱病残枝条，达到树冠枝条上下通畅。
4、修围：经过清膛修剪以后，整个树冠骨架基本清晰。初结果枸杞一般很容易出现冠层强弱不均或者某一位置差主侧枝的情况。修围工作就是利用外围强壮枝，通过短截的方法，解决冠层强弱不均，冠层差主、侧枝和扩大树冠的作用。成龄枸杞就是对各冠层的果枝进行去旧留新的修剪。疏剪的主要对象是老弱枝、横条、病虫枝、伸出树冠的结果枝组和过密枝。短截的主要对象是有空间的强壮枝和部分中庸结果枝。修剪后要求各层分明，每一层的冠幅枝条疏密分布均匀有一定的距离，通风透光良好。在枝条的取舍上，根据栽植的密度、肥力水平，因树修剪。对于优质高产成龄枸杞树修剪后，结果枝数量以每667平方米2.7—3.5万为宜。
5、截底：修围工作结束后，有的枝条仍接近地面，影响下年生产，需要对距地面高度小于35厘米的枝条进行短截。
