枸杞的病害防治主要技术是选用无病种苗、抗病品种。加强中耕锄草，合理施肥、修剪，促进树体健康生长。在生产中，要根据病虫发生的具体情况确定防治对象和方法，以统防统治为主，交叉用药，防治主要病虫兼治其它次要病虫。枸杞园出现病虫害，要抓紧时间喷药防治。
1、枸杞蚜虫。在枸杞展叶、抽梢期使用2.5%扑虱蚜3500倍液树冠喷雾防治，开花坐果期使用1.5%苦参素1200倍液树冠喷雾防治。发现蚜虫增殖时立即喷洒50%抗蚜威可湿性粉剂2000倍液或与40%乐果乳液1000倍液混合喷洒；也可单用35%卵虫净乳油或10%吡虫啉可湿性粉剂1500倍液喷洒。树冠喷雾时注重喷洒叶背面。 枸杞蚜虫易产生抗药性，要注意农药的交替使用。
2、枸杞木虱。在若虫盛发期的5月、6月份用40%氧化乐果1000倍液或20%杀灭菊酯4000倍液结合防治蚜虫，效果均佳；或者喷洒25%扑虱灵乳油1000-1500倍液或2.5%天王星乳油3000-4000倍液，隔10-15天喷1次，防治1-2次。
3、枸杞负泥虫。又名金花虫、肉旦虫。是一种头、胸部黑色，生有一对黄褐色鞘翅的小甲虫。成虫和幼虫均为害叶片，造成千疮百孔，严重时叶肉全被吃光，仅留叶脉。成虫期选用40%乐果乳油1000倍液，幼虫期用5000倍1.8%阿维菌素乳油+1000倍高氯喷雾或2.5%鱼腾精1000倍液，进行树冠喷雾。喷雾时将喷头上下转动，注意喷洒叶片背面。
4、炭疽病。危害果实和叶片。病果变黑，僵死早落。叶片病斑上有小黑点，有的破裂穿孔。7 ~8月高温多湿时发病严重。枸杞灰斑病：危害叶片，病叶上出现圆形、中央灰白色、边缘褐色的病斑，后在叶片背面出现淡黑色的毒状物。以剪除秋果;冬季清除病果和化学药剂保护为中心的大田综合防治方法。化学药剂以1∶1∶100的波尔多液,50％退菌特可湿性粉剂600倍液和50％代森铵800倍液防治效果较好。
5、枸杞根腐病。危害根茎部，发病初须根变褐腐烂，后蔓延至主根发黑腐烂，严重时外皮腐烂剥落，只剩下木质部，最后全株枯死。可用50%托布津1000-1500倍液或50%液或50%多菌灵1000-1500倍液浇注根部。可在结果期用1：1：100波尔多液喷射；雨后立即喷50%退菌特可温性粉剂600倍液，效果较好。
6、黑果病。发生在雨季，受害的果、花、花蕾变黑，防治：清除病花、病果、用代森猛锌或退菌特喷洒防治。
