小麦根病主要有三种，即小麦全蚀病、小麦纹枯病和小麦根腐病。它们主要危害小麦根茎基部，整个生育期均可发病，一般发病可使小麦减产10%～20%，重者减产75%～80%。返青拔节期是小麦纹枯病、全蚀病、根腐病等根病的又一次侵染扩展高峰，所以这一时期做好小麦根部病害防治工作尤为重要。
1. 小麦纹枯病
小麦纹枯病从小麦苗期至抽穗期均能发生。苗期的症状主要表现在地下部分，出苗后危害小麦的地下茎，出现褐色椭圆型病斑，并向上发展。返青至拔节期田间病株率达5%时，应立即用药进行防治每亩用20%三唑酮75g或20%禾果利40g兑水50kg顺垄喷施。
2. 小麦全蚀病
小麦全蚀病是一种根腐和基腐性病害，在小麦全生育期均可发病，病菌只侵染根部和茎基部1～2节。小麦全蚀病可随种子远距离传播，小麦出苗后开始发病，形成黑根，返青后病害扩展，抽穗后病株成簇或点片状发生早枯白穗，病根变黑，易于拔起。“黑脚”和“白穗”是成株期特有的症状。
对全蚀病高发区，在小麦拔节期可用小麦全蚀净20～25g兑水15kg喷洒1～2次。或采用灌根，可用工农-16型喷雾器，去掉喷头用纱布包喷头，打小气流，沿麦垄对着根部浇灌。用20%三唑酮100ml兑水50kg灌根，也有一定的效果。
3. 小麦根腐病
小麦根腐病又称根腐叶斑病、黑胚病、青枯病等。是由一种或多种真菌引起的病害。主要为害幼苗或成株的根、茎、叶、穗和种子。种子带菌严重者播种后不能发芽，有的虽能发芽出苗，但生长细弱，幼苗僵化，麦苗根茎、根间、茎基部变褐色，主根及部分须根发黄、枯死或次生根不生长，成株后植株矮小，提前早衰，成穗短小而千粒重也低，减产率在8～19%。预防根腐病，可在小麦返青前，选择晴天下午进行镇压，锄划，增温保墒促进根系发育。发病地块应及时用药进行防治，可用15%三唑酮可湿性粉剂100g或50%多菌灵可湿性粉剂100g兑水40～50Kg对小麦茎基部喷雾，或用70%甲基托布津可湿性粉剂500倍液叶面喷施，可减轻病害发生。
