首先要对拌料场地进行整理和消毒，若不是水泥场地应铺塑料膜，拌料时先将基质与杀菌剂混合均匀（杀菌剂选用苗菌敌、多菌灵、甲基托布津等广谱杀菌剂，每袋基质加入15—
把配好的基质装入穴盘，用木板刮平即可，将8个穴盘摞在一起，既为搬动方便有序，也是利用上面稍微轻压下面穴盘的基质，然后搬入育苗棚中，排放于铺有地膜的场地上，排时以顺育苗棚宽度竖放穴盘，每排横放4张穴盘，宽度1.32米，便于在两边进行操作管理，两排之间相隔20厘米，既节约场地，也可方便走动。
播前将穴内基质用手轻拨整齐，播时用手指在中间轻摁一个5毫米的小穴，将种子（干种或催芽刚露白的种子）放入（瓜类等种子需平放）再覆以蛭石。覆土厚度可根据种子的籽粒大小覆盖，厚度应掌握在0.5—1.0厘米为宜。至穴平为度，后用喷壶喷透。为不将基质冲出，应用细孔喷壶将水向上仰喷，使水如降雨般缓缓落下(苗期喷水也应照此进行)。冬季为提高基质温度和保温，可于穴盘上盖地膜，夏天夜间覆盖地膜，早上揭开。但苗出60％－70％时应及时撤去，以防出现高脚苗或阳光灼伤。
应及时喷水，喷时选晴天，夏季于下午或傍晚进行，但以叶面没有水珠为准，并加强通风、防水、遮阴、防虫（可以利用防虫网、遮阳网、棚膜等）。没有雨时把防雨膜揭开，采用遮阳网预防高温，同时加上防虫网防虫。冬季于午前进行喷水并通风排湿，夜间提前盖草苫或补充加温。
出苗后夏季3－5天，冬季5－7天进行一次移盘，即将穴盘向前或向后移动20厘米，防止根系下扎，若根下扎，可以拉断，起到抑制旺长的作用。冬季如棚内前后温度、光照相差较大时，应进行整排穴盘的前后位置倒动。苗期定期喷药防止病害。苗出棚前5－7天应移动穴盘防止根往外扎，或使断根愈合；适当控水并加强通风炼苗，使苗更适应定植的环境条件（建议在苗期喷2－3遍翠康促根增甜液，苗会更键壮）。
基质育苗的温度控制
冬季育苗夜温稳定在15度以上。低于15度2天以上幼苗根系即受害。
基质育苗的病虫害控制
冬春季育苗在子叶展开至真叶指甲大小时喷药一次，在出床定植之前再喷药一次，克腐特1号加农用连霉素加2.0%的阿维菌素3000倍。夏秋季育苗须另加抗病毒药如乙酸马啉呱。
基质育苗的高级管理——苗床补水
苗床补水可以避免淋水造成的疾病传播。整建极度水平苗床，其上覆塑料膜，将穴盘置其上。顺一端浇水，保留适当时间至穴盘吸透水为止。余水从另一端放出。
