韭菜生产过程中的主要病害为灰霉病和疫病。
      一、韭菜灰霉病
     韭菜棚室生产，尤其是冬季进行韭菜生产，一定要提前预防灰霉病的发生，采用的措施每亩采用用含活孢子2亿个·g-1木霉菌可湿性粉剂5 kg和含活芽孢100亿个·g-1枯草芽孢杆菌可湿性粉剂100g处理土壤协同预防。
    特别是在倡导绿色农业的大背景下，木霉菌的大面积推广应用已成为构建现代和高效的生物防治病虫害体系中不可或缺的一部分。木霉菌系列产品在防治灰霉病上，主要有以下几个防治特点，拮抗作用，木霉菌通过产生小分子的抗生素和大分子的抗菌蛋白或胞壁降解酶类来抑制病原菌的生长、繁殖和侵染。木霉菌在抗生和菌寄生中,可产生几丁质酶、纤维素酶和蛋白酶来分解植物病原真菌的细胞壁或分泌葡萄糖苷酶等胞外酶来降解病原菌产生的抗生毒素。同时，木霉菌还分泌抗菌蛋白或裂解酶来抑制植物病原真菌的侵染。竞争作用，木霉菌可以通过快速生长和繁殖而夺取水分和养分、占有空间、消耗氧气等,以至削弱和排除同一生境中的灰霉病病原物。重寄生作用，研究发现木霉菌会在特定环境里形成腐霉对灰霉病菌具有重寄生作用,它进入寄主菌丝后形成大量的分枝和有性结构,因而能抑制葡萄灰霉病症状的出现。诱导抗性，木霉菌可以诱导寄主植物产生防御反应,不仅能直接抑制灰葡萄孢的生长和繁殖,而且能诱导作物产生自我防御系统获得抗病性。促生作用，木霉菌在使用过程中，不仅能控制灰霉病的发生,而且能增加种子的萌发率、根和苗的长度以及植株的活力。
      枯草芽孢杆菌通过成功定殖至植物根际、体表或体内，与病原菌竞争植物周围的营养，分泌抗菌物质以抑制病原菌生长，同时诱导植物防御系统抵御病原菌入侵，从而达到生防的目的。
      枯草芽孢杆菌主要可以抑制由丝状真菌等植物病原菌所引起的多种植物病害。现报道的从作物的根际土壤、根表、植株及叶片上分离筛选出的枯草芽孢杆菌菌株对不同作物的众多真菌和细菌病害具有拮抗作用。
      韭菜发病后，可用40%嘧霉胺悬浮剂1000倍液喷雾。
      二、疫病的防治
      提前预防疫病，可用0.3%丁子香酚可溶液剂600倍液喷雾。
      丁子香酚是一种植物源低毒杀菌剂，商品名称：灰霜特，施立克，主要剂型：0.3％可溶性液剂。杀菌机制 ，丁子香酚是一种溶菌性化合物，喷洒发病作物后，菌孢子立即变形，溶解消失。霜霉病、灰霉病、晚疫病对各种作物都有特殊的治疗作用。由德国金轮公司生产，是一种霜霉病、疫病、灰霉病等细菌溶解剂，被植物的叶子、茎和根吸收，具有向上传导功能，疗效快，持效期长。  应用于蔬菜生产 对各种作物感染的真菌病害有特殊作用，如灰霉病、霜霉病、白粉病、炭疽病、疫病、叶霉病等，
      韭菜疫病的防治，每亩0.3％丁子香酚可溶液剂40～50克，每隔7～10 d（天）防治1次，连续防治2～3次。