1、改良土壤
通过有益菌的繁殖，大量有益菌在植物根系周围形成了优势种群，抑制其他有害菌的生命活动；快速分解土壤中的有机物质，促进土壤团粒的形成，改善土壤的理化性质，增强土壤的透气性，提高肥力；还可以分解土壤中残留的农药，降低对下茬作物的伤害，还可以降解根系代谢的有害物质。
2、固氮、解磷
能够把空气中的氮部分转化成植物可利用的氮，有益菌生长代谢产生的有机酸和酶类，可以分解土壤中难溶性的磷 ，供植物吸收利用，提高作物对肥料的利用率。
3、促进植物生长，提高品质
生物菌肥中的有益菌能够促使土壤中微量元素的释放，同时有益菌代谢过程中可以产生植物所需的氨基酸、生长调节物质、维生素等。
4、促进作物早熟和延长采收期
由于土壤理化性质得到改善，土壤中的养分保持平衡，肥料能够更好的被作物吸收，因此能够促进作物早熟和延长采收期。
5、减少环境污染
生物菌肥不同于化肥，一次性使用量少，可避免化肥过量使用带来的环境污染。 与有机肥配合使用，能够持续不断的改良土壤，由于有益菌能够快速分解有机物质供农作物吸收，因此保证了当年的农作物产量，同时克服了有机肥肥效慢的特点。
