1、种子消毒
对种子进行消毒时控制细菌性果斑病最直接最有效的方法。利用Tsunami100（苏纳米100）：水=1：80对种子进行消毒。消毒液和湿种子的比例为2：1，将湿种子装入纱网袋中，浸泡到配好的消毒液中，厚皮甜瓜浸泡18分钟，薄皮甜瓜浸泡15分钟即可，期间不停搅拌，使种子与消毒液充分混合，然后用清水清洗一遍。还可以用杀菌剂1号（中国农业科学院植保所研制）200倍液处理1小时，用清水清洗干净。需要注意的是，药剂浓度和浸种时间一定要掌握好，避免出现药害。
2 、农药防治
苗期，可用2％春雷霉素500倍+农用硫酸链霉素3000倍进行预防，每隔7天喷1次。幼苗发病初期，可用33.5%喹啉铜或者53.8％氢氧化铜干悬浮剂(可杀得)800倍液或47％春·王铜可湿性粉剂(加瑞农)800倍液喷雾，喷药时要均匀，细致。每隔7天用药1次，连续用药3～4次。
3、田间管理
及时清除病残体；发现病株，及时清除；应用地膜覆盖和滴灌设施，降低田间湿度和避免灌水传染；增施有机肥，提高植株抗性；进行整枝、打杈注意消毒，防止交叉传染。
