发生次生盐碱化的土壤表层在干旱时常出现白色盐分，地表板结，通透性差，土壤潮湿时会出现绿色或砖红色藻类物质。
根部对土壤养分的获取，造成植物营养不良，阻碍生长。引起蔬菜根系难以生长，直至死苗。对蔬菜的生理伤害及生长发育的危害如下。
一是生理干旱。通常表现为土壤干旱、植株失水，在高温强光照、大气相对湿度低的情况下表现尤为严重。
二是离子的毒害作用。由于盐分中离子不均衡，植物吸收某种离子过多会排斥对其他一些营养元素的吸收。
土地盐碱化会导致土壤的内部结构成分发生变化，植物内部的原生质会受到破坏，使植物内部的机能转换受到障碍，并且盐碱地中含有的钠离子会干扰植物
