种子采收过早籽粒瘦瘪、芽率不高，采收过晚籽粒脱落降低产量，因此及时采收是提高种子产量、质量的重要环节。进入灌浆后期要注意观察蒴果皮色变化，当部分蒴果的缝合线开裂，部分蒴果呈苍黄色时，即是种子采收的最佳时期。采收应在清晨趁潮进行，保留2-3厘米长花梗将花序剪除，尽量保持花序完整，避免种子脱落。花序采摘后晒晾2天，堆在通风避雨处后熟3-5天，堆放厚度不超过30厘米，每天翻堆 1-2 次，通过后熟将粒牙能更加泡满。后熟后选晴天摊入晒场脱粒，去除秕粒、杂质后放在布单上晾晒，直至种子含水量达8%左右即可加标签装袋入库保存。
韭菜种子一般只能使用1 年。在室温下保存或恒温库（0℃左右）保存时，第二年因为种子的发芽率或田间成苗率太低，一般都不能使用。
