利用食用菌菌渣接种高温纤维菌，经堆制、好氧分解45天，总养分和有机质含量、pH值和外观形态等指标均达到有机肥标准。菌渣肥富含多种易降解的有机物和矿质元素，而且质地疏松，蓄水能力强，因此可以增加土壤有机质含量，缓解土壤缺素现象，增加土壤透气性，提高土壤单位面积产能，可起到改良土壤的作用。施用菌渣有机肥后，作物生长旺盛，能提高抵抗土传病害侵染的能力；菌渣发酵产生的激素物质诱导植物抗性，从而有效地控制土传病害的发生。
菌渣有机肥处理土壤后降解产生的挥发性物质、无机盐及特有微生物产生的酶类、抗生素类都具有直接抑菌效果。研究人员发现菌渣有机肥的钙盐具有抑制厚垣孢子萌发，促进芽管瓦解，诱发土壤细菌分解菌丝的作用。有机质分解过程中产生的氨、硫醇、硫化氢、丹宁酸、萜类化合物等气体对根腐病、黑根腐病等病菌有很好的抑制效果，这与土壤熏蒸杀菌效果相似。施加菌渣有机肥能有效增加土壤中微生物数量并能有效抑制番茄早疫病。生物学研究显示拮抗菌与致病菌共同竞争孢子萌发所必须的碳素营养和铁离子，使得孢子萌发和菌丝增殖受到抑制，从而减少病害的发生。另外，有机肥浸提液中含有某些抗菌活性物质，能够破坏病原菌繁殖单元的细胞壁和原生质层从而起到抑菌作用。大量微生物附着或寄生在病原菌菌丝上，也可造成其细胞破裂，从而抑制了病原菌的生长。
菌渣堆肥过程中某种或某类微生物对病原生物具有拮抗作用，诱导刺激植物本身产生系统抗性，提高对病原菌的免疫能力。实验表明，施用有机肥除具有促生作用外，并通过微生物产生的抗菌类物质引发植物产生结构抗性等生理生化反应，从而诱导产生抗病性并控制病害发生，因此可以通过接种生防菌来增加堆肥的抗病性。菌渣堆肥基质中富含的几丁质、壳聚糖、干扰物和酚类复合物能提高植物和生防菌的几丁质酶活性并诱导产生抗性，促进木质部导管壁上附着物的形成和纹孔场的愈合等。向土壤施加少量几丁质，能使萝卜维管束萎蔫病和大豆根腐病病害发生程度明显降低，而用堆肥制成的无土栽培基质能诱导黄瓜产生系统抗病性。
有机肥防治作物土传病害，是有机肥对作物根际微生物区系进行调节，土壤生态结构改善，营养供应能力提高所引起的协同效应。
