由于甜瓜病毒病主要靠种子、蚜虫和接触传毒。因此生产上栽培甜瓜病毒病的发生与气候、品种和栽培条件有密切关系。秋栽甜瓜苗期、生长期正值高温季节，正是蚜虫、白粉虱、红蜘蛛等的高发期，也是甜瓜病毒病的易发期，而蚜虫又是病毒病的主要传染源。高温、干旱、强日照条件下，利于蚜虫的繁殖和迁飞传毒，病毒传播途径广，传染源多，秋栽甜瓜一旦发病，轻者影响产量和品质，重者造成绝收。那么如何防止呢？
1、选种
选用适宜当地种植、抗病、适应性强、含糖量高的品种，如梦露、景甜一号、绿霸、红冠、早花蜜等。
2、药剂处理
甜瓜种子带毒，种子带毒率高，则病发生早。栽培中避免种子传毒，将甜瓜种子用10％磷酸三钠溶液或1％的高锰酸钾溶液浸种15分钟后，捞出再用清水冲洗干净后播种，有效控制种子带毒发生危害。
3、切断传播途径
秋季甜瓜栽培，多在保护地进行，而病毒病主要依靠刺吸式口器的昆虫传播，或人工整枝使伤口接触传染。因此要在放风口部位加装防虫网，防止昆虫飞入棚内。并在棚内悬挂粘虫版。至于控制伤口感染，就要注意整枝手法，整枝时，不要用手掐，而是用手掰下，手指不要接触伤口，尽量在瓜蔓幼嫩时整枝，减少伤口面积，同时要防止叶片磨擦，更不要践踏茎蔓，避免病毒病传播。
4、加强管理
定植前，栽培田要施足有机肥，增施磷、钾肥，提高植株的抗病力。甜瓜植株生长阶段不同，抗病力不同。幼苗至开花期抗病力差，在甜瓜出苗后子叶展平时、定植前、开花前各喷一次抗病毒病药，防止病毒病发生危害，并适期定植。授粉到座瓜期抗病能力增强，痤瓜后抗病毒能力更强。此时管理除注意整枝打杈、授粉等操作不要碰伤叶蔓外，还要加强管理，避免植株生长瘦弱和旱涝不匀，并经常检查，发现病株要及时拔除消毁。同时根据植株生长情况，在果实膨大期随浇水追施麻将渣等速效有机肥来补充微肥，或用0.3%酸二氢钾进行叶面追肥，促进瓜秧叶片浓绿，生长旺盛，提高植株本身抗毒能力，有效降低病毒病的发生率。
5、药剂防治
防止蚜虫、白粉虱等害虫，苗期用2.5%一遍净乳油、50%抗蚜威可湿性粉剂、25％吡虫·仲丁威乳油、10％吡丙·吡虫啉悬浮剂。定植后至开花坐果期。用2.0%阿维菌素、7.5％菌毒·吗啉胍水剂、1.5％硫铜·烷基·烷醇水乳剂、2％宁南霉素水剂等防治。发病初期可用20%病毒A可湿性粉剂、0.5%抗毒剂1号水剂、20%病毒净、5%菌毒清水剂或1.5%的植病灵乳剂等药剂，隔7天喷1次，连续2～3次。
