中草药以野生天然药效最佳，随着野生资源的采挖枯竭，药用植物人工种植的面积和数量越来越大，并逐渐成为中药材的主要来源。我国药用植物栽培悠久，但较多采用了引种繁育方式，但引种栽培，由于生境改变，往往病害、虫害发生严重，直接影响其产量和品质，往往造成重大的经济损失。此外，中药材生产的科技水平低，目前药材种植多为家庭种植模式，从选取品种、管理到初加工等均缺乏系统指导。种植模式单一，病、虫、草害过于依赖化学防治，农药残留普遍，化肥偏施、滥施，部分药材甚至因为生长素滥用导致药效降低。中药材质量差，抽检样品重金属和农药残留严重成为突出问题。随着国际舞台绿色认证制度的盛行，我国产品屡屡触礁北美、欧洲及东南亚限量指标。

生态农业是当今国际上公认的最先进的农业模式，具有整体性、多样性、高效性、优质性和可持续性的特点。中药材作为治病救人的药品，首先应当注重的是质量，其次才是产量。中药材的活性药效成分多少决定了中药材的品质优劣。有研究发现大多数药用植物在受到干旱、缺少养分等环境胁迫或遭受病原微生物侵害或昆虫、动物啃咬后，会大量产生并积累次生代谢产物，以增加自身的抗逆性。由此可知，通过保持植物多样性和昆虫多样性的生态栽培模式，不仅符合维护生态系统平衡的要求，还可提升中药材品质。

我国中药材与农作物或林木的间套作栽培理论与探索在2000年以后得到实践和发展，如黄连玉米、天冬玉米间套作以及毛白杨林下种植桔梗和天南星。但真正的“仿生种植”“拟境栽培”甚至“逆境栽培”等生态栽培理论，在我国也是近两年提出的。中国工程院院士黄璐琦在2018年的世界中医药健康论坛中提出打造中药生态农业，建议“拟境栽培”“人种天养”的生态种植形式，采取资源综合利用和循环经济，不向农田抢地，不与草虫为敌。河北省农林科学院、河北农业大学、河北中医学院等组成的专家组在石家庄市井陉县苍岩山进行了连翘生态种植的研究，探索实现了“三不”模式：全生育期不打农药、不施用化学肥料、充分利用自然降雨不浇水。

中药材生态栽培的理念正逐渐得到业界人士的认可和研究实践。浙江理工大学开展了黄精、三叶青、三七、铁皮石斛等中药材仿生种植的原理及生产实践研究。中国农业科学院探索了人参林下生态护育模式和非林地生态种植模式。此外，中国中医科学院、湖北中医药大学、甘肃中医药大学、贵州中医药大学、昆明理工大学、四川省中医药科学院、西南民族大学、福建农林大学、陕西师范大学等科研院所对菊花、当归、天麻、川芎、苍术、秦艽、罗汉果、太子参、西洋参等中药材也开展了生态种植研究和实践。