枯草芽孢杆菌的作用机理是，通过制剂接触作物根系、叶片或进入植物体内，同病原菌竞争特定位置的营养，并分泌抗菌物质抑制病原菌生长，诱导植物建立防御系统，从而抵御病原菌的入侵，达到防病治病的最终目的。由此可见，枯草芽孢杆菌的杀菌能力是通过两个方面体现的：一是通过自身菌体的数量优势，达到吞噬有害菌的作用；二是通过自身分泌的抗菌物质，来达到防病、治病的目的。

和化学农药的“快准狠”相比，枯草芽孢杆菌杀菌功效的发挥，是需要一定的条件进行效果转换的。枯草芽孢杆菌被制成杀菌剂后，其孢子由于缺乏适宜生长环境，便进入了休眠状态，一旦遇到适宜环境，便会进入生殖生长期，芽孢重新生长为枯草芽孢杆菌。这个适宜的环境，就决定了施药效果的差异。也就是说，枯草芽孢杆菌想要发挥杀菌功效，首先要保证有适合其生长繁殖的环境。

如进行叶片喷施，经过稀释后的药液，在附着到植物叶片后，需要保持一定时间的湿度，如果在高温干旱条件下施药，则达不到芽孢杆菌继续繁殖的效果，只能通过其分泌物进行杀菌，这样的功效，就大打折扣了。如果进行土壤施药（底施、冲淋、灌根），则需要土壤中有足够的有机质作为载体，毕竟，枯草芽孢杆菌只有在有机质含量丰富的环境下，才能得以复制繁殖，达到以绝对优势菌体，吞噬有害菌体的目的。

如果土壤有机质含量缺乏，枯草芽孢杆菌繁殖能力降低，杀菌作用也就随之降低。

枯草芽孢杆菌是一种效果较为明显的微生物农药，对真菌病害和细菌病害都有较好的防治作用。既能防治根部病害，如常见的根腐病、立枯病、枯萎病、白绢病、全蚀病等，也能防治多种叶部病害，如白粉病、细菌性角斑病、灰霉病、赤霉病、溃疡病、纹枯病、黑胫病等。

施药方式多样，可喷雾，可灌根，可拌种，可底施，也可制成各种剂量的微生物菌肥，都可达到理想的防病治病的效果。每亩采取1000亿孢子/克枯草芽孢杆菌100克，配合50%克菌丹500克或70%甲基硫菌灵500克，掺混土壤进行撒施，在有机质不匮乏的基础上，可有效预防作物根腐病的发生。在作物生长期，按照这个配方，按照1500倍进行稀释，而后随水冲淋或灌根，对各种土传病害同样具有非常理想的防治效果。