小麦茎基腐病是真菌性病害。小麦茎基腐病以菌丝体潜伏在种子内和病残体中越夏、越冬，病菌在土壤中的病残体可存活2年以上。幼芽、幼苗、成株根系、茎叶和穗部均可受害，以根茎部受害最重，是近几年发生的重要病害之一。

症状：播种后种子受害，幼芽鞘受害成褐色斑痕，严重时腐烂死亡。苗期受害根部产生褐色或黑色病斑。成株期受害植株茎基部出现褐色条斑，严重时茎折断枯死，或虽直立不倒，但提前枯死形成白穗，人工拔时茎基部易折断，拔起病株可见根毛和主根表皮脱落，根冠部变黑并粘附土粒。叶片上病斑初为梭形小斑，后扩大成长圆形或不规则形斑块，边缘不规则，中央浅褐色至枯黄色，周围深绿色，时有褪绿晕圈。穗部发病在颖壳基部形成水浸状斑，后变褐色，表面敷生黑色霉层，穗轴和小穗轴也常变褐腐烂，小穗不实或种子不饱满；或穗颈变褐腐烂，使全穗枯死或掉穗。麦芒发病后，产生局部褐色病斑，病斑部位以上的一段麦芒干枯。

药剂防治。如果冬前气温较高，已发生病害的麦田应采用冬前、翌年小麦返青—起身期喷药防治2次。每亩用量为20%氰烯·已唑醇悬浮剂110～130g、或50%氯溴异氰尿酸可湿性粉剂40g、或50%甲基硫菌灵可湿性粉剂200g、或50%苯菌灵可湿性粉剂100g。上述药剂加入锌肥、磷酸二氢钾、芸薹素内酯等混用能够提高防治效果，增加产量，并兼治其它病害。